Vào khoảng năm Giáp Ngọ (1744), Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc (1725-1821), là người đem chi phái Lâm Tế dòng đạo Bổn Nguyên vào miền Nam Việt Nam trước tiên), vâng lời thầy theo lớp người lưu dân từ Đồng Nai xuống phía Nam. Trên đường đi, nhà sư gặp một tăng sĩ không rõ họ tên, cùng lứa tuổi và họ đã kết thành huynh đệ. Đến nơi ở mới là làng Tân Lộc (xóm Chợ Đũi), hai nhà sư cùng khai phá rừng và dựng lên một am lá (khoảng năm 1744) thờ Phật. Vài năm sau, nhà sư vô danh kia tách ra lập am riêng, cách am cũ vài mươi mét, để tiện việc tu hành.
Đến năm Nhâm Thân (1752), Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc tu bổ am lá thành chùa, và đặt tên là chùa Từ Ân, và nhà sư vô danh cũng tu bổ am lá trước đây và đặt tên là chùa Khải Tường
Sau một thời gian hoằng hóa, vị sư trụ trì ở chùa Khải Tường viên tịch, thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc trụ trì luôn cả hai chùa.
Trong giai đoạn chiến tranh giữa Tây Sơn với chúa Nguyễn Phúc Ánh, cả hai chùa từng là nơi ở của vị chúa Nguyễn và đoàn tùy tùng (chùa Từ Ân là nơi dành cho chúa và quan quân, còn chùa Khải Tường là nơi dành cho các phi tần) Hoàng tử Đởm – tức Vua Minh Mạng – ra đời (1791). Về sau nhớ ơn cũ, năm 1822, vua Minh Mạng đã sắc phong chùa Từ Ân là "Sắc Tứ Từ Ân Tự".
Năm Tân Tỵ (1821), Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc viên tịch tại chùa Từ Ân. Nghe tin sư phụ của mình là Thiền sư Phật Ý-Linh Nhạc mất, Thiền sư Thiệt Thành-Liễu Đạt (khi ấy đang là Tăng cang chùa Thiên Mụ ở Huế từ năm 1817), xin vua từ nhiệm để trở về chịu tang và làm trụ trì tại chùaTừ Ân (Gia Định). Nhưng Hoàng Cô (chị vua Gia Long, pháp danh là Tế Minh-Thiên Nhật) đem lòng thương và theo vào, hay tin Thiền sư Thiệt Thành-Liễu Đạt chốn xuống chùa Đại Giác (Cù lao phố - Biên Hoà) nhập thất 2 năm , nhưng Hoàng Cô vẫn tìm đến
Năm 1823, Thiền sư Thiệt Thành-Liễu Đạt tự thiêu vì không muốn sợi dây tình ái trói buộc , và vài ngày sau Hoàng cô cũng quyên sinh chết theo.
Tiếp nối, Thiền sư Tế Chánh-Bổn Giác lên thay thầy làm trụ trì, sau đó là Thiền sư Tế Tín-Chánh Trực, Trong thời gian này chùa Khải Tường bị quân Pháp chiếm làm đồn; còn chùa Từ Ân thì bị đốt cháy.
Năm Canh Ngọ (1870), chùa Từ Ân mới đã được dựng lên ở Phú Lâm - quận 6 (bên rạch ông Buông ) để tiếp nối dòng đạo, đồng thời gìn giữ những hiện vật còn sót lại của ngôi chùa cũ.
Chùa còn giữ nhiều di vật cổ, như 2 bức hoành phi cổ đề "QUỐC ÂN KHẢI TƯỜNG TỰ” (có ghi phần lạc khoản "Quí Mão tân niên (1843) mạnh xuân cát nhật và "SẮC TỨ TỪ ÂN TỰ” (có ghi phần lạc khoản "Minh Mạng tân niên”), các câu đối v.v... và bài vị cùa Hòa thượng Thích Thiệt Thành và Hoàng Cô quyên sinh tại chùa Đại Giác (Cù lao phố) năm 1823 đang được thờ tại chùa.
Cùng bài vị của các Chư Tổ trụ trì tiền nhiệm là: Phật Ý – Linh Nhạc, Thiệt Thành – Liễu Đạt, Chánh Trực – Tế Tín, Bổn Giác – Tế Chánh, Quảng Thông – Minh Đức, Định Huệ – Minh Tài, Từ Hóa – Như Bằng, Thiện Thi – Hồng Cử và Hòa thượng Thích Thiện Thành